二甲亚砜本身是无毒的。它几乎是一种“万能溶剂“，并且对皮肤、粘膜有很强的渗透能力。医学上常将其用于药物中（特别是外用药），以促进人体对药物的吸收。医用的二甲亚砜通常会有较高的纯净度要求和质量控制体系。